第41話は、特級の戦いが終結した後の「静けさ」と「準備」の章です。花御の撤退により、姉妹校交流戦は一時中断されます。五条悟は、今回の襲撃が特級呪霊たちの組織的な行動であると断定し、より広範な対策を講じ始めます。一方、生徒たちは各々の戦いを振り返り、新たな目標と共に再起を誓います。特に虎杖悠仁は、東堂葵との共闘で得た手応えと、五条の圧倒的な力の前で感じた自身の未熟さを胸に、次なる成長への決意を固めるのです。騒動が落ち着く中で、次のより大きな戦いに向けた静かな布石が打たれていきます。
第48話で、物語は新たな事件「幼魚と逆罰」編へと本格的に突入する。虎杖悠仁、伏黒恵、釘崎野薔薇の三人は、七海建人の指導の下、とある地方都市で発生した連続怪死事件の調査任務に就く。現場には、人間を惨殺した特級指定呪霊「呪胎・戴天」の痕跡が残されていた。これは単純な祓いではなく、一般市民が巻き込まれた猟奇的な事件。新人たちは、初めて「民間人の保護」という最も困難な制約の中で、知能と凶暴性を兼ね備えた未知の呪霊と対峙することになる。
第124話で、釘崎野薔薇の「共鳴」の術が、敵の魂の本質に直接干渉する決定的な一撃を放つ。これにより、真人とその分身の動作に一瞬の「歪み」が生じた。その隙を逃さず、虎杖悠仁が怒涛の連打で前線に復帰。二人の完璧な連携により、戦場の主導権が大きく揺らぐ。真人は分身を盾に戦線の再構築を図るが、その目には初めて「不確かさ」の影が宿った。渋谷の闇の中、一筋の突破口が開かれた、攻守逆転の序章となる。
第186話で、全ての戦いが終わる。虎杖と乙骨の最後の共撃が敵の核心を貫き、羂索が遺した最後の“しけり”は完全に消滅した。高専地下の重苦しい呪力が晴れ、静寂が訪れる。傷だらけで立ち尽くす二人は、確かに勝利したことを互いの目で確認する。地上に戻ると、そこには駆けつけた仲間たちと、穏やかな朝の光が待っていた。長い戦いの連鎖が、ついに、本当の終わりを迎えた瞬間だった。
第30話は、「廻り舞台の戦い」における虎杖悠仁・釘崎野薔薇チームと究極メカ丸の決戦の決着編です。メカ丸の機動兵器「究極丸」の猛攻に対し、虎杖の肉体的な強靭さが盾となり、釘崎が「共鳴」の術を正確に命中させるという、二人の連携が勝利への鍵となります。戦いを通じて、メカ丸は自身の“弱さ”を認めると同時に、真剣に戦うことの意味を体得していきます。一方、戦場の別の区域では、京都校の禪院真依と西宮桃が行動を開始し、静かに近づく新たな脅威の気配が示されます。一つの戦いが終わり、交流戦はより複雑な様相を呈し始める過渡期の章です。
第113話で、烏鷺との戦いに決着がつく。釘崎野薔薇の「共鳴」が烏鷺の核を破壊し、彼女の「芸術」領域は崩壊する。烏鷺は敗北を認め、自らの美学に殉じるように消滅した。領域の核が停止し、水上都市の歪みが解け始める。傷つきながらも勝利を収めた虎杖悠仁たちは、互いの無事を確認し安堵に包まれる。また一つ、管理者を倒し、多くの人々を救うという使命を果たした瞬間だ。
第52話は、「呪胎・戴天」討伐作戦の決着編です。伏黒恵の式神「鵺」による空中制圧と釘崎野薔薇の「共鳴」の集中攻撃が功を奏し、呪霊の動きを封じます。その隙に、虎杖悠仁が渾身の呪力込めた一撃を叩き込み、特級指定呪霊を祓うことに成功します。三人の確かな連携が実を結ぶ瞬間です。 しかし、戦闘後の調査で、この呪霊が“人為的に作られた”可能性を示す不気味な痕跡が発見されます。事件は解決したが、真人や夏油傑といった敵の関与を仄めかす、より大きな陰謀の影が色濃く漂い始める、物語全体にとって重要な幕引きの章です。