第41話は、特級の戦いが終結した後の「静けさ」と「準備」の章です。花御の撤退により、姉妹校交流戦は一時中断されます。五条悟は、今回の襲撃が特級呪霊たちの組織的な行動であると断定し、より広範な対策を講じ始めます。一方、生徒たちは各々の戦いを振り返り、新たな目標と共に再起を誓います。特に虎杖悠仁は、東堂葵との共闘で得た手応えと、五条の圧倒的な力の前で感じた自身の未熟さを胸に、次なる成長への決意を固めるのです。騒動が落ち着く中で、次のより大きな戦いに向けた静かな布石が打たれていきます。
第150話で、最終決戦の幕が上がります。チームが「終局の舞台」に到着すると、そこは廃墟と化した巨大な呪術施設でした。既に各地で他の呪術師部隊との激戦が繰り広げられ、空には羂索の張った巨大な結界が広がっています。そして、一瞬の静寂の後、領域全体を両面宿儺の圧倒的な呪力が襲います。彼の完全復活が、今、最終段階に入ったのです。全ての戦いの終わりと始まりが、この場所で交差します。
第29話で、伏黒恵と東堂葵の壮絶な一騎打ちが終幕を迎える。伏黒が切り札として放った渾身の攻撃は、東堂の「不義の愛」によって見事に制され、勝負は東堂の勝利で決する。しかし、この戦いは単なる勝敗を超えた意味を持つ。東堂は敗者である伏黒にこそ「将来性」を見いだし、自らの「兄弟」として認めるという、型破りな尊敬の念を示す。一方、他の戦域では虎杖悠仁と釘崎野薔薇が究極メカ丸を追い詰め、戦況は新たな局面へ。激闘を通じて築かれる、敵対者を超えた確かな絆が描かれる。
第101話で、虎杖悠仁たちの連携攻撃が遂に石流を倒し、領域の核を停止させる。戦いが終わり、歪んだ空間が解ける中、傷ついた四人は互いの無事を確かめて安堵に包まれ、九十九由基の労いを受ける。大きな目標を成し遂げた、緊張から解き放たれる達成感の瞬間が描かれる。
第62話で、物語の視点が少し移動する。禪院真希が中心となり、彼女の実家である呪術師の名家「禪院家」にまつわる因縁と内部事情が描かれ始める。一族の複雑な力関係と、真希が「呪力を殆ど持たない」という理由で受けてきた軽視が明らかになる一方で、彼女の並外れた肉体能力と不屈の精神の源が示される。これは、彼女個人の成長物語であると同時に、呪術界に根深くはびこる古い体質への批判でもある。新たな戦いの足音が聞こえる中、主要キャラクターたちの過去と信念が深く掘り下げられる重要な人物描写の章だ。
第158話では、新たな課題が浮上します。戦いから数か月後、世界各地で消えたはずの弱小呪霊が再び観測され始めます。調査した虎杖と乙骨は、これが自然発生ではなく、羂索が遺した術式の「残滓（ざんし）」が原因である可能性に気づきます。完全なる浄化には、まだ最終段階が残されているのです。新たな任務に臨むため、各地に散った仲間たちへ、再集結の要請が発せられました。平和は未完成であり、守るための戦いは静かに、しかし確かに続いていくのです。
第31話は、激闘後の沈黙と新たな駆け引きが支配する。究極メカ丸との戦いを終えた虎杖悠仁と釘崎野薔薇は、戦場で息を整える。一方、密林の別の場所では、京都校の禪院真依が単独行動を続け、西宮桃の空からの支援を受けて東京校の生徒を執拗に追跡・排除する作戦を実行中だ。そのターゲットは、熊猫と狗巻棘。真依の「呪銃」による狙撃と、西宮の飛行能力による広域制圧という危険なコンビネーションが、経験豊富な二年生たちをも脅かす。交流戦は、個人の実力だけではなく、戦略と情報戦の様相を強めていく。