第95話で、チームは決断を下す。麗美の情報が真実である可能性が高いと判断し、石流との決戦を前に、領域の「核」への直接アプローチを選択する。麗美は道案内とし、一行は敵の監視網をかいくぐって最深部へと潜入を開始する。しかし、その道程は罠と幻惑に満ちており、伏黒の式神による偵察も困難を極める。そして、通路の最深部で彼らを待ち受けていたのは、核そのものではなく、核を守るために配置された「石流の影武者」と、それを指揮する麗美のもう一つの顔だった。協力者は一転して裏切り者となり、完全なる罠に陥る。
第51話で、「呪胎・戴天」との戦いは絶体絶命の危機へ。呪霊の驚異的な回復力と変幻自在の攻撃の前に、虎杖たち三人は押され気味になる。特に、その触手状の攻撃は広範囲を覆い、チームを分断させようとする。窮地の中、伏黒恵が新たな式神「鵺」を召喚し、空中からの奇襲で戦局を打開しようと試みる。一方、釘崎野薔薇は「共鳴」の術を一点集中させ、呪霊の核心を狙う。チームワークが試される、命がけの攻防が続く。
第78話で、最終作戦「領域核の破壊」が開始される。乙骨憂太を先頭に、虎杖悠仁、伏黒恵、禪院真希、釘崎野薔薇の精鋭チームが、管理者の本拠地と推定される領域最深部へと進軍する。道中では、ゲームのルールによって生み出された幻覚や空間歪みなどの障害が次々と立ちはだかり、チームの結束と適応力が試される。そして、最深部の門前で彼らを待ち受けるのは、この区域を管理する「管理者」そのもの、あるいはそれに匹敵する強敵だった。最後の、そして最も困難な関門への挑戦が始まる。
第107話で、チームは隠密行動を続ける。伏黒の式神が囮となり、虎杖と真希が主力となって信号源へのルートを切り開く。釘崎は高所から敵の配置を監視し、進路を指示する。途中、烏鷺の仕掛けた芸術的な罠（からくり）を幾つか突破し、ようやく信号源と思われる区域の通信塔に接近する。しかし、そこは烏鷺が最も美しいと考える「絶景」の舞台であり、当然ながら最も強力な護衛が待ち構えていた。最後の障害との対峙が目前に迫る。
第188話は、秤金次と鹿紫雲一という二人の強者による、港での一騎打ちが描かれます。鹿紫雲の強力な雷撃で秤の頭部が大きく傷つきますが、彼の特殊な回復術式により瞬時に治ります。互いに一歩も引かぬ激闘の末、試合終了間際、秤が全てを賭けた最後の一手として「領域展開」を発動させます。それを見た鹿紫雲の表情に驚きが走り、勝負の行方が最後の瞬間に大きく揺らぎます。
第18話で、新人とベテランの共闘は真価を問われる。地下に潜む、人間の「労働」への恨みが具現化した特異な呪霊・労働蠅との戦闘で、虎杖悠仁の直感的な行動力と七海建人の緻密な戦術が交差する。七海は、自らの術式「十種の神器」の一つ「三七分割」を発動。これは対象を「7:3」の弱点に強制的に分割する冷酷かつ合理的な能力で、単なる破壊ではなく“効率的な解体”を体現する。戦闘を通じ、悠仁は感情ではなく「ルール」と「効率」で動くプロの戦い方、そしてその背後にある覚悟を学んでいく。
第228話で、物語は最終決着へ向かいます。宿儺の魂が浄化と封じ込めによって完全に分離され、伏黒恵の意識が深部からよみがえります。一方、乙骨と五条の連撃により、羂索の本体である脳がついに消滅。千年にわたる因縁がここで終焉を迎えました。戦場が静寂に包まれる中、伏黒がゆっくりと目を開き、呆然とした顔で周囲を見渡します。最大の戦いが終わり、失われたものが一つ、帰ってきた瞬間です。