第95話で、チームは決断を下す。麗美の情報が真実である可能性が高いと判断し、石流との決戦を前に、領域の「核」への直接アプローチを選択する。麗美は道案内とし、一行は敵の監視網をかいくぐって最深部へと潜入を開始する。しかし、その道程は罠と幻惑に満ちており、伏黒の式神による偵察も困難を極める。そして、通路の最深部で彼らを待ち受けていたのは、核そのものではなく、核を守るために配置された「石流の影武者」と、それを指揮する麗美のもう一つの顔だった。協力者は一転して裏切り者となり、完全なる罠に陥る。
第202话中，战局陷入僵持。怨念集合体的攻击直接针对人心，唤起了每个人内心最深处的痛苦回忆——虎杖想起宿儺与七海，真希想起妹妹，乙骨想起夏油杰。他们的动作因悲伤而变慢，攻击因犹豫而无力。危机中，钉崎野蔷薇的声音突然通过通讯传来。她没有说鼓励的大道理，只是坚定地提醒每个人：“别被过去困住，看看你现在的同伴！” 这句话像一记清醒的耳光，让前线的人们猛然回神。他们背靠背重新集结，将悲伤化为守护彼此的力量，展开了新一轮反击。
第104話は、新たな環境「水上都市」での適応と最初の交戦を描く。管理者烏鷺の配下である半機械的な呪霊の群れは、水中からの奇襲と連携攻撃を仕掛けてくる。虎杖悠仁と禪院真希が陸上での迎撃を担当し、伏黒恵が新たな水生式神を試みて水路の制御を図る。一方、釘崎野薔薇は高所から戦場を俯瞰し、敵のパターンと「核心」を見つけ出そうとする。複雑な地形を活かした戦いが展開される中、区域の中心にある塔からは、烏鷺が優雅に、しかし冷徹にこの「芸術作品」を鑑賞する視線が注がれている。
第267話、釘崎野薔薇が帰ってきた。左目は失ったけれど、彼女の「共鳴り」は確かに宿儺の最後の指を貫いた。目を覚ましてまだ一時間も経っていない。それでも戦場に駆けつけ、迷わず虎杖の背中を撃った。虎杖は振り返る。涙が溢れて、何も言えなかった。あの日、渋谷で別れたきり、ずっと胸の奥にしまい込んでいた名前。五年越しの「ただいま」は、まだ終わらない戦いの中で、確かに彼に届いた。
第152話で、絶望が世界を覆います。伏黒の身体を乗っ取った宿儺が、圧倒的な力の一片を見せつけます。一撃で廃墟がさらに崩壊し、戦っている他の術師たちもなす術がありません。虎杖は目の前の事実に打ちのめされ、声も出せません。そこへ、五条悟と乙骨憂太が宿儺へと特攻を仕掛けます。しかし、その壁はあまりにも厚く、全く通用しないように見えます。最強の敵が、今、動き始めました。
第212話では、時がさらに流れ、呪術高専に新たな世代の生徒たちが入学してきます。虎杖や乙骨は時折、講師や特別顧問としてその様子を見守ります。ある晴れた日、訓練場で少しトラブルを起こした新入生たちに、虎杖がかつて五条悟からかけられたのと同じ言葉を、自然な笑顔でかけるシーンで幕を閉じます。「じゃあ、教えてやる。呪術師として、どう生きるべきかをな」。物語は、新たな循環の始まりを静かに示し、完全に終焉を迎えます。
第213話では、伏黒恵の身体を完全に乗っ取った両面宿儺が、その圧倒的な力を見せつけます。天使・来栖華が発動した、対象を完全に消滅させる術式「浄化の矢」に対し、宿儺は伏黒の心の中に残る「姉・津美紀」への想いという弱点を逆用し、術式の成立を巧妙にかわします。必死に介入しようとする虎杖悠仁は、宿儺の一撃によって大きく吹き飛ばされ、戦線から一時離脱を余儀なくされます。最大の希望であった天使の術が無効化され、絶望が深まる局面です。