第164話では、各戦線の最終局面が描かれます。虎杖チームは集合体の核を秤の一撃で破壊することに成功し、第一の「核」が消滅。真希チームも呪骸の大群を制圧し、研究所跡の「核」を破壊します。しかし、乙骨チームが挑む人工島の「核」は最も強力で、領域の力で乙骨の呪力を著しく減衰させ、パンダと狗巻を圧倒します。乙骨は己の限界に挑む決断を迫られ、残る二つの「核」の破壊を知った他のチームが、人工島へと急行し始めます。全ての戦いが、最後の一か所に集約されようとしています。
第163話では、三つの戦線がそれぞれ膠着状態に陥ります。虎杖チームは集合体の攻撃パターンを解読し、秤の大勝負による一撃で突破口を開きます。真希チームは、釘崎の「共鳴」が呪骸の制御コアに有効であることを発見し、反撃を開始。乙骨チームは、パンダと狗巻の援護で「静寂の領域」の中心へのアプローチに成功します。各地で劣勢を挽回しつつあるものの、それぞれの「核」は最終防衛形態へと変貌を始め、より危険な最終局面へと移行します。
第162話では、虎杖チームの戦いが描かれます。森林地帯の「核」は、かつて祓った呪霊たちの残滓を集合させた、巨大な「怨恨の集合体」となっていました。通常攻撃は効かず、秤の賭博術式と西宮の飛行能力を駆使したチーム連携で弱点を探ります。一方、真希チームは廃研究所で自律型呪骸の大群と、乙骨チームは人工島で呪力を吸収する「静寂の領域」にそれぞれ遭遇し、苦戦を強いられます。三つの戦線が、一気に熱を帯び始めます。
第161話では、三つのチームがそれぞれの任務地へと向かいます。虎杖と秤、そして西宮桃が向かうのは、かつての「呪胎戴天」事件のあった地方都市の森林地帯。真希と釘崎、そして究極メカ丸が目指すのは、仙台の古い呪術研究所跡。乙骨とパンダ、狗巻が挑むのは、東京湾の人工島にある施設。三つの地で同時に、羂索が遺した最後の“しけり”との戦いの火蓋が切られる、というところで章は閉じられます。それぞれの地に潜む、異なる形の最後の敵が待ち受ける予感が漂います。
第160話では、最終ミッションの準備が整います。各地の調査結果を統合した夜蛾校長と五条は、羂索の術式の「核」が日本の三箇所に分散して残っており、これを同時に破壊せねば世界の呪力バランスが戻らないと結論づけます。虎杖、真希、乙骨をそれぞれの中心メンバーとする三つのチームが編成され、同時決行作戦の詳細が伝えられます。最大の脅威は去ったが、最後の難関が残されている。それぞれが任務地へと散り、最後の戦いの開始を告げる号令がかかります。
第159話では、戦後処理が続きます。羂索の術式の「残滓」調査のため、虎杖は高専の研究室を訪れ、硝子と夜蛾校長から詳細な分析結果を聞きます。一方、真希と秤は関東で異常発生した呪霊群の祓いを担当し、その動きが人為的なパターンを持つことを確認。各所から集まる報告が、一つの大きな“後始末”の必要性を示し始めます。物語は、新たなチーム編成と最終ミッションへの準備段階へと移行します。
第158話では、新たな課題が浮上します。戦いから数か月後、世界各地で消えたはずの弱小呪霊が再び観測され始めます。調査した虎杖と乙骨は、これが自然発生ではなく、羂索が遺した術式の「残滓（ざんし）」が原因である可能性に気づきます。完全なる浄化には、まだ最終段階が残されているのです。新たな任務に臨むため、各地に散った仲間たちへ、再集結の要請が発せられました。平和は未完成であり、守るための戦いは静かに、しかし確かに続いていくのです。
第157話は、物語の余韻と新たな日常の始まりを描くエピローグです。少し時が経ち、世界は着実に再生へと向かっています。虎杖悠仁は、普通の高校生としての生活と呪術師としての使命の狭間で、新たなバランスを模索し始めました。ある晴れた日、かつての戦友たちと偶然再会し、未来について語り合います。失ったものは大きく、傷跡は深い。しかし、それでも前に進もうとする彼らの姿が、静かな希望をもって描かれ、長い戦いの物語に最終的な幕が下ろされます。
第156話は、戦いが終わった後の静かな世界を描く最終章です。宿儺の消滅と共に、歪んだ呪力が浄化されていきます。傷だらけの生存者たちが、失われた仲間を思い、互いの無事を確かめ合います。虎杖は、伏黒や他の仲間の思いを胸に、新たな一歩を踏み出します。廃墟には人々が戻り始め、復興の兆しが見えます。深い悲しみと確かな希望が共存する、物語の終わりと始まりの時です。
第155話で、全てが決する瞬間が訪れます。虎杖の疾走と同時に、宿儺の体内で伏黒の魂が一瞬だけ目覚め、宿儺の動きを封じます。その刹那、五条、乙骨、そして全ての力を振り絞った虎杖の最後の一撃が、宿儺の根源を貫きます。圧倒的な呪力の奔流が収まり、静寂が訪れます。戦いが終わり、崩れかけた世界に、かすかな光が差し込み始めました。