第79話は、領域最深部での決戦の始まりです。チームの前に現れたのは、この区域の「管理者」を名乗る、人間とも呪霊ともつかない特異な存在でした。その力はゲームのルールそのものを具現化したようなもので、通常の術式を無効化する危険な能力を持ちます。乙骨憂太が特級の実力で正面から対峙し、虎杖悠仁たちがそれぞれの能力で援護と牽制を行います。しかし、管理者の攻撃は予測不能で、一瞬の隙が命取りとなる極限の戦い。領域の核を壊すためには、まずこの守護者を倒さなければならない、究極の試練が目の前に立ちはだかります。
第157話は、物語の余韻と新たな日常の始まりを描くエピローグです。少し時が経ち、世界は着実に再生へと向かっています。虎杖悠仁は、普通の高校生としての生活と呪術師としての使命の狭間で、新たなバランスを模索し始めました。ある晴れた日、かつての戦友たちと偶然再会し、未来について語り合います。失ったものは大きく、傷跡は深い。しかし、それでも前に進もうとする彼らの姿が、静かな希望をもって描かれ、長い戦いの物語に最終的な幕が下ろされます。
第221話では、ついに五条悟が「獄門疆」からの解放を果たします。しかし、彼は仲間の元へは直接向かわず、戦いの根源へと直行。羂索（ケンジャク）と、伏黒恵の肉体に宿る宿儺（両面宿儺）の前に単身で立ちはだかります。宿儺が興味深そうに五条を迎え撃つ中、五条は「術式順転・蒼（あお）」を発動させ、圧倒的な重力渦で周囲の空間ごと敵を捻じ曲げます。その一撃は、彼が無事であることの証明であり、最大の敵への鮮やかな宣戦布告となりました。
第41話は、特級の戦いが終結した後の「静けさ」と「準備」の章です。花御の撤退により、姉妹校交流戦は一時中断されます。五条悟は、今回の襲撃が特級呪霊たちの組織的な行動であると断定し、より広範な対策を講じ始めます。一方、生徒たちは各々の戦いを振り返り、新たな目標と共に再起を誓います。特に虎杖悠仁は、東堂葵との共闘で得た手応えと、五条の圧倒的な力の前で感じた自身の未熟さを胸に、次なる成長への決意を固めるのです。騒動が落ち着く中で、次のより大きな戦いに向けた静かな布石が打たれていきます。
第253话，七月第一个周末。虎杖陪伏黑回老家看津美纪。她精神很好，做了满满一桌菜，非要留他们住一晚。晚上三个人坐在廊下吃西瓜，津美纪问起高专的事，伏黑挑不重要的讲，虎杖在旁边补充些有的没的，被伏黑瞪了好几眼。津美纪笑着听，没有追问。蚊子多起来，他们搬进屋里，电视开着没人看。虎杖躺在地板上快要睡着，迷迷糊糊听见津美纪轻声说：“惠，你变开朗了。”伏黑没回答。虎杖闭着眼睛，嘴角弯了弯。月光从窗缝漏进来，蝉声响彻整个夏夜。普通的周末，普通的家。
第209话是羂索的终章。在九十九由基和胀相的联手猛攻下，羂索（夏油杰的肉体）终于到达了极限。他赖以维持的术式开始崩解，千年来的计划与执念也随之消散。在最后一刻，他的表情并非愤怒或恐惧，而是一种奇异的“了然”，仿佛看到了自己追寻之物的尽头。随着最后一句低语，他的身体化为灰烬，彻底从世界上消失。持续千年的阴谋，于此落下帷幕。
第268話「終結」は、長い戦いのあとの静かな朝だった。宿儺が消え、伏黒は自分の身体で目を覚ました。虎杖と釘崎が段ボール箱に隠れて「釘崎サバイバルサプライズ」なんて馬鹿なことをやっている。伏黒は驚かないふりをして、それでもほんの少しだけ口元を緩めた。虎杖が差し出したのは五条からの手紙。伏黒が読むと、そこにはこう書いてあった。「悪いな、惠。お前の父ちゃんはもういない——俺が倒しちゃった！わりぃな!!」そして五条の似顔絵。伏黒は思わず声を出して笑った。 虎杖と釘崎が驚いてのぞき込む横顔が、夕暮れの教室に浮かんでいた。時計の針が進む。彼らは立ち上がり、皆のところへ向かう。「これから乙骨を助けに行くんだ」。まだ終わらない物語と、それでも確かに手にした日常の重さが、ページの余白にそっと置かれていた。