第82話は、戦いの後処理と新たな現実が描かれる章です。領域が消滅し、現実に戻ったチームは、傷の手当てと被害状況の確認に追われます。乙骨憂太は、他の区域でも同様のゲームが進行していることを告げ、チームを離れて次の任務へ向かいます。一方、五条悟から連絡があり、今回の事件が敵組織の本格的な「宣言」であったことが明かされます。ほっとする間もなく、次のより広大な戦いの予感が訪れる。一つの勝利は終わりではなく、全体戦争のほんの序章でしかないことを、彼らは思い知らされるのでした。
第101話で、虎杖悠仁たちの連携攻撃が遂に石流を倒し、領域の核を停止させる。戦いが終わり、歪んだ空間が解ける中、傷ついた四人は互いの無事を確かめて安堵に包まれ、九十九由基の労いを受ける。大きな目標を成し遂げた、緊張から解き放たれる達成感の瞬間が描かれる。
第213話では、伏黒恵の身体を完全に乗っ取った両面宿儺が、その圧倒的な力を見せつけます。天使・来栖華が発動した、対象を完全に消滅させる術式「浄化の矢」に対し、宿儺は伏黒の心の中に残る「姉・津美紀」への想いという弱点を逆用し、術式の成立を巧妙にかわします。必死に介入しようとする虎杖悠仁は、宿儺の一撃によって大きく吹き飛ばされ、戦線から一時離脱を余儀なくされます。最大の希望であった天使の術が無効化され、絶望が深まる局面です。
第46話で、姉妹校交流戦「呪術チーム競技」の勝敗がついに決する。最終局面での直接対決を制したのは、虎杖悠仁たちの東京校チームだった。互いの全力を出し切った両チームに、勝者への称賛と敗者への敬意が生まれる。加茂憲紀は潔く結果を受け入れ、究極メカ丸は自身の成長を実感する。これをもって、全ての競技が終了し、交流戦は幕を閉じる。物語は、戦いを通じて深まった絆と、次の舞台への期待を残し、ひとつの大きな区切りを迎えるのである。
第183話で、虎杖と乙骨は高専の地下深くへと急ぐ。階段を下りるにつれ、かつてないほどの不気味な呪力の気配が強まる。最深部の広間には、羂索が残した最後の「しけり」が、歴代の危険な呪物の力を吸収しながら、巨大な“胚”のような形で蠢いていた。これが最後の敵。二人は互いにうなずき、戦闘態勢に入る。母校を、そして未来を守るための、本当に最後の戦いが始まる。
第242话，周末的早晨。钉崎难得睡到自然醒，躺在床上发了会儿呆，然后决定一个人去看电影。进场前买了可乐和爆米花，挑了个中间靠后的位置。电影一般，但她笑得很开心。散场时外面下起小雨，她站在屋檐下等雨停，顺便发消息给虎杖和伏黑：“明天任务别迟到啊，谁迟到谁请客。” 几秒后收到回复：“知道了”“烦死了”。她把手机揣进口袋，雨刚好变小，慢慢走回去的路上，闻到雨后泥土的味道。普通的一天。挺好的。
第72話で、小さな安堵の瞬間が訪れます。作戦成功により、一時的な安全地帯と食料を確保したチームは、救出した人々と共に束の間の休息を取ります。疲れた表情を浮かべる避難民に、釘崎野薔薇が気さくに声をかけ、虎杖悠仁は余った食料を子供たちに分け与えます。伏黒恵は見張りに立ち、禪院真希は武器の手入れをしながら、皆の様子を静かに見守ります。戦いの合間の、わずかながらも確かな「日常」の温もり。しかし、遠くで不気味に光るゲームの界面が、この平穏が儚いものであることを思い起こさせます。