第31話は、激闘後の沈黙と新たな駆け引きが支配する。究極メカ丸との戦いを終えた虎杖悠仁と釘崎野薔薇は、戦場で息を整える。一方、密林の別の場所では、京都校の禪院真依が単独行動を続け、西宮桃の空からの支援を受けて東京校の生徒を執拗に追跡・排除する作戦を実行中だ。そのターゲットは、熊猫と狗巻棘。真依の「呪銃」による狙撃と、西宮の飛行能力による広域制圧という危険なコンビネーションが、経験豊富な二年生たちをも脅かす。交流戦は、個人の実力だけではなく、戦略と情報戦の様相を強めていく。
第29話で、伏黒恵と東堂葵の壮絶な一騎打ちが終幕を迎える。伏黒が切り札として放った渾身の攻撃は、東堂の「不義の愛」によって見事に制され、勝負は東堂の勝利で決する。しかし、この戦いは単なる勝敗を超えた意味を持つ。東堂は敗者である伏黒にこそ「将来性」を見いだし、自らの「兄弟」として認めるという、型破りな尊敬の念を示す。一方、他の戦域では虎杖悠仁と釘崎野薔薇が究極メカ丸を追い詰め、戦況は新たな局面へ。激闘を通じて築かれる、敵対者を超えた確かな絆が描かれる。
第182話では、乙骨の勝利報告を受けた五条悟が、次の重要な情報を伝える。それは、「死滅回游」のシステムに残された最後の“バグ”であり、羂索が最期に仕掛けた「最後の罠」の位置についてだった。その場所は、すべての始まりとなった呪術高専の地下深く。敵の最終目的が「高専そのものの破壊」かもしれないと悟った虎杖悠仁と乙骨憂太は、急ぎ母校へと戻る。最も大切な場所を守るため、最後の戦いの舞台が、再びここに戻ってきた。
第245话，新年后的第一个工作日。虎杖在便利店买早饭时抽到一张“小吉”签，随手夹进钱包里。伏黑收到津美纪寄来的新年明信片，上面画着丑萌的手绘年神，他看了三秒，贴在办公桌隔板上。钉崎从老家带回来一堆特产，挨个往大家桌上扔，狗卷比了个大拇指，熊猫直接拆开吃了起来。五条悟踩着迟到的时间点晃进来，手里还拿着没喝完的咖啡，被夜蛾校长叫去办公室。窗外的阳光很淡，走廊里有人在小声聊天，茶水间的热水壶刚好烧开。新的一年开始了，和去年没什么不同。这样就好。
第65話は、真希の決着と新たな始まりの章です。禪院家との因縁に決着をつけた禪院真希は、自身の進むべき道を明確にします。一方、その報告を受けた五条悟は、真希の成長を認めつつ、次なる広範な脅威「死滅回游」本編への備えを急ぎます。物語の焦点は再びメインストーリーへと戻り、虎杖悠仁たちの元に、次の戦いの舞台となる区域からの緊急連絡が入ります。静かな個人編が終わり、再び緊迫した集団戦へと物語が加速していく合図です。
第138話で、戦いに決着がつきます。互いを信じる心をよりどころに幻覚を突破した虎杖と伏黒が、同時に区域の核を破壊。管理者は消滅し、歪んだ空間は元に戻ります。無事を確認し安堵する二人。新たな区域へと続く道のりはまだ長いが、この勝利は確かな手応えとなった。
第24話で、「京都姉妹校交流戦」の火蓋が切って落とされる。東京と京都の生徒たちが集う式場で、楽厳寺嘉伸は虎杖悠仁への露骨な敵意と、規則に則った「処分」の意向を宣言する。その直後、最初の団体戦「廻り舞台の戦い」のルールが発表され、戦場となる森林エリアへ両校のチームが投入される。伏黒恵、釘崎野薔薇と共に戦場へ向かう悠仁は、単なる競技ではなく、自らの存在を賭けた真剣勝負が始まったことを痛感する。緊張と戦意が最高潮に達する中、密林に散った者たちの、最初の衝突が目前に迫る。