第98話は、新たな知識と共に戦略を練り直す章です。九十九由基の情報により、石流を倒してこの区域の核を破壊することの重要性が、単なる局地戦以上の意味を持つことが明らかになります。九十九の助力もあり、チームは影武者部隊を殲滅し、いよいよ石流本人が待つ本拠地への進軍を開始します。麗美の裏切りによる消耗は大きいものの、虎杖悠仁の体内で宿儺が彼女の「伝言」を受け、何かを企て始める気配が強まります。全ての思惑が最終決戦の場に集約される、緊張のるつぼの中へと足を踏み入れる。
第157話は、物語の余韻と新たな日常の始まりを描くエピローグです。少し時が経ち、世界は着実に再生へと向かっています。虎杖悠仁は、普通の高校生としての生活と呪術師としての使命の狭間で、新たなバランスを模索し始めました。ある晴れた日、かつての戦友たちと偶然再会し、未来について語り合います。失ったものは大きく、傷跡は深い。しかし、それでも前に進もうとする彼らの姿が、静かな希望をもって描かれ、長い戦いの物語に最終的な幕が下ろされます。
第250话，一个哪儿也不去的周日。虎杖睡到自然醒，躺在床上发了十分钟呆，才磨蹭着起床。煮了冰箱里剩下的速食面，边吃边看重播的搞笑综艺，笑到差点呛到。伏黑难得没有任务，在家洗衣服、晒被子，顺便给阳台的盆栽浇水——是津美纪上次来玩时送的，说好养，结果他还是养死了半盆。钉崎窝在公寓里追剧，抱着抱枕哭得稀里哗啦，抽纸巾抽到只剩空盒。傍晚三个人在群里闲聊，也没什么正事，就“晚饭吃啥”“随便”“那随便是啥”这种毫无进展的无聊对话。最后谁也没说服谁，各自煮了泡面。窗外的天彻底黑了，对面楼的灯一盏盏亮起来。普普通通的一天，结束了。
第106話で、チームは急変した環境への即応を迫られる。水域が使用不能となったため、伏黒恵は索敵と警戒を陸上式神に切り替え、虎杖悠仁と禪院真希は狭隘な路地での近接戦闘に備える。その中で釘崎野薔薇が、敵の機械的呪霊群には一定の「制御信号」があることに気付き、その発信源を突き止める作戦を提案する。チームは都市の構造を利用し、信号源へ向かうべく、烏鷺の目を欺くための陽動と隠密行動を開始する。力押しから知略へ。管理者の「芸術」に対する、チームなりの緻密な対抗策が動き出す。
第40話は、絶望的な状況に「最強」が降り立つ章です。花御の領域展開目前という最大の危機に、五条悟が戦場に到着します。彼の登場そのもので空気が変わり、花御は後退を余儀なくされます。悠仁と東堂の死闘を見て、五条は微笑みながらも冷徹な戦闘態勢に入り、その「無下限呪術」で花御のあらゆる攻撃を無力化。圧倒的な力の差を見せつけ、花御を撤退に追い込みます。これにより、特級呪霊による襲撃は失敗に終わりますが、五条はこの事件がより大きな闇の戦いの序章に過ぎないことを確信するのでした。
第132話で、虎杖と伏黒が迷路を進む中、突如として現れたのは、区域の「管理者」が操る呪霊の群れだった。それらは迷路の壁から湧き出るように現れ、奇襲を仕掛けてくる。虎杖が直感的な力で前線を守り、伏黒が式神「玉犬」と「鵺」を駆使して側面と上空から対抗する。戦闘を通じて、この区域のルールが「集団での同時攻撃に特化している」ことが判明。二人は背中を合わせ、初めての本格的連携戦闘を繰り広げる。一つの試練を突破したが、迷路の先にはさらに複雑な仕掛けが待ち受ける予感が漂う。
第226話で、全ての戦線に決定的な転機が訪れます。伏黒の指の動きを機に宿儺の支配が一瞬緩み、五条が放った「赫」が直撃。乙骨も羂索に致命傷を与えます。最大の危機は脱しましたが、伏黒を完全に取り戻し、世界を癒す最後の一歩が残されています。仲間たちが一点に集結し、最後の作戦を開始します。